區段徵收作業程序如下：
一、準備作業：
（一）範圍勘選。
（二）土地所有權人意願調查。
（三）評估公益性及必要性。(南科七區111/08/19)
（四）召開事業計畫公聽會。
（五）事業計畫報請目的事業主管機關許可。
（六）辦理變更、新訂或擴大都市計畫作業。
（七）範圍邊界分割測量。
（八）建築改良物禁止事項之報核及公告。
（九）地籍資料整理、調查及繕造清冊。
（十）土地徵收補償市價查估資料之提送及評定。
（十一）徵收補償費查估及繕造清冊。
二、正式作業：
（一）先行區段徵收地區開發範圍報核。
（二）抵價地比例報核。
（三）召開協議價購會議。
（四）召開區段徵收公聽會。
（五）區段徵收計畫書之報核、審議及核准。
（六）區段徵收公告及通知。 (停止買賣)
（七）異議處理及通知。
（八）發給抵價地案件之申請、審查及核定。
（九）徵收補償費之發放或存入保管專戶。
（十）公有土地及未登記土地之處理。
（十一）囑託辦理區段徵收土地所有權移轉登記、公有土地所有權移轉或管理機關變更登記、他項權利塗銷或變更登記、建物滅失或標示變更登記。(南科FG區2022.11月進度)
（十二）工程施工。
（十三）辦理抵價地分配及農業專用區配售。
（十四）地籍整理。
（十五）囑託辦理開發完成後土地所有權登記或管理機關變更登記。
（十六）辦理抵押權或典權登記。
（十七）土地之處分。
（十八）財務結算。
（十九）撰寫成果報告。